Ok. Ich hab auch mal nachgeschaut, in organischen Stoffen [1] ist die Wärmeleitung rund 3 Größenordnungen schlechter als in Metallen.
Du hast somit Recht, relativ "lange" Pulse mit einigen 100 ns sind (bei gleicher mittlerer Leistung/Leistungs-/Energiedichte) schädlicher als cw-Strahlung.
[1]: http://e3.physik.uni-dortmund.de/~s.....r.pdf

Die Gefahr bei solchen "mittelkurzen" Pulsen besteht darin dass sie einerseits eine Spitzenleistung von mehreren kW haben und durch ihre lange Dauer eine hohe Pulsenergie. Im Zeitraum eines Laserpulses kann Wärmeleitung fast vernachlässigt werden, die Bewegung des Lasers oder des Auges auch. Bei einem direkten Treffer entstehen dann im Fokuspunkt auf der Netzhaut so hohe Temperaturen dass das Wasser in den Zellen dort schlagartig verdampft und eine Sprengwirkung hat. Die thermische Wirkung ist dagegen von relativ untergeordneter Bedeutung, der Hauptschadensmechanismus ist von mechanischer Art.

Ein cw-Laser hingegen "kocht" das Gewebe, so dass die Sehzellen im und auch in einem gewissen Bereich um den Fokuspunkt absterben.