Vergiss den 'USB Bootloader' vom Arduino nicht. Primär meinte ich mit nackt den fehlenden Bootloader und weniger Platinenmaterial.
Die Unterschiede zwischen dem ATmega8 und ATmega328 (Arduino) und die anderen Geschwister sind mir soweit bekannt, als dass es keinen (nennenswerten) Unterschied macht:
https://www.avrprogrammers.com/articles/atmega8-vs-atmega328
Klar kann man den Arduino-Bootloader per AVR Studio 6 und dem AVRISP mkII auf einen nackten ATMega bekommen, siehe z.B. hier:
(Radowino) Arduino Bootloader brennen
Ich wollte nur beschreiben, dass man sich am Anfang überlegen sollte was man machen will. Wie bei jedem Ökosystem gibt es auch hier einen Lock-in-Effekt.
P.S.
Nur wenn man schon den MK2 und AVR Studio 6 rumliegen hat, frag ich mich warum man nicht direkt im AVR Studio programmiert.
P.P.S.
Wem der AVRISP MKII zu teuer ist, als Schüler/Student gibt/gab es den zu einem reduzierten Preis. So habe ich meinen auch bekommen. Auch gibt es Klone, aber k.A. ob die problemlos laufen - habe ja einen echten AVRISP MKII.